El Parque Nacional del Manu es uno de los mejores lugares del planeta para la observación de aves. La variedad de ecosistemas que componen esa área natural protegida la convierten en uno de los lugares con mayor diversidad de especies del mundo, habiendo 1025 especies registradas el día de hoy, número que representa al 10% del total de tipos de aves en la tierra. Estas cifras y las diversas rutas por tierra y por río a través de todas las zonas de vida convierten al Manu en el mejor lugar para un observador de aves.
El récord mundial de la más grande diversidad de especies de aves encontradas en un solo día en un mismo lugar lo tiene el río Manu con una cifra de 331 especies. Para llegar a este río hay que seguir la ruta al Manu hasta el puerto de Atalaya y luego seguir por el río Alto Madre de Dios durante al menos 5 horas y luego entrar al mencionado afluente. Desde los colibríes más pequeños hasta aves de gran tamaño como el cóndor de la selva y el águila arpía, en el Manu es posible encontrar aves de todo tipo, tamaño, forma y color.
Un lugar ideal para la observación de aves son las collpas de arcilla en las orillas de los ríos, donde diversas especies de guacamayos y loros más pequeños se alimentan de arcilla durante el amanecer. Se especula que ese comportamiento se debe a que los minerales que consumen contrarrestan las toxinas de ciertas hojas y frutas de las que se alimentan.
La bajada al bosque de nubes del Manu es además un lugar ideal para ver al gallito de las rocas, el ave nacional del Perú. La danza que realizan los machos para cortejar a la hembra es un ritual extraordinario que un aficionado a las aves jamás debe perderse.
En todos los diversos ecosistemas del Manu, hay lugares ideales para que el viajero se pueda alojar. Allí está la Estación Biológica Wayquecha en las alturas, y más abajo Villa Carmen, ya casi terminando la selva alta. Más allá, en la selva baja, están el Albergue Pankotsi, en la comunidad nativa de Shipetiari y al final, dentro del Parque Nacional, la Casa Matsiguenka, de la etnia Matsiguenka.
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